Pondok Modern Al-Barokah membina keorganisasian dengan cara demokrasi yang sesuai dengan fitrah manusia, tidak menganut demokrasi, hak asasi manusia, dengan semacamnya seperti yang dilakukan diluar. Karena demokrasi itu tidak ada, tidak pernah ada dan tidak ada di dunia ini. Pengalaman beroganisasi di Pondok Modern Al-Barokah selalu menghidupkan pemerataan, pemberdayaan dalam berorganisasi, maka dari itu setiap tahun di adakan pergantian pengurus Organisasi Pelajar. Ini adalah sunnah Pondok Modern yang sudah berjalan sejak dahulu yang sesuai dengan moto Pondok Modern Al-Barokah Yaitu “Siap memimpin dan siap di pimpin” dan “Patah tumbuh hilang berganti”.
Demokrasi yang di terapkan di Pondok Modern Al-Barokah sejak dahulu adalah demokrasi di alam pendidikan yang disebut Demokrasi Terpimpin, Demokrasi Terpimpin disini dengan artian :
-
Islam mengenal hal ini dan tidak mengenal demokrasi liberal.
-
Seseorang memimpin harus ditaati selama ia tidak melanggar hukum-hukum Islam.
-
Seorang calon pemimpin bisa jadi pemimpin walaupun ia tidak mendapatkan suara terbanyak.
-
Pemimpin yang mendapatkan suara terbanyak dan terpilih menjadi pemimpin tetapi ia tidak melaksanakan hukum-hukum/syariat islam atau memerintah sesuatu yang berlawanan dengan Al-Quran dan sunnah atau menyuruh berbuat maksiat maka ia tidak dapat ditaati.