Bermula dari tradisi silahturrahmi dengan berbagai pesantren, H. Harmoko memiliki obsesi untuk mendirikan lembaga pendidikan pesantren yang didasari atas harapan orang tuanya, H. Asmoprawiro dengan system seperti yang ada di Pondok Modern Gontor, maka pada tahun 1992, dimulailah pembangunan sarana dan prasarana pondok diatas areal tanah 6 ha yang peletakan batu pertamanya oleh para pimpinan Pondok Modern Gontor, para tokoh masyarakat beserta keluarga H. Harmoko tersebut bergabung dalam satu yayasan yang bernama Yayasan Insan Barokah yang diketuai oleh H. Harmoko sendiri.
Lembaga pendidikan ini memulai pelaksanaan program pendidikan dengan system KMI pada tanggal 3 Agustus 1993, dan dengan rahmat dari Allah, mulailah berdatangan santri satu persatu dari berbagai daerah seperti Jepara, Riau, Jakarta, Kalimatan, Malang dan sekitarnya, mereka yang kemudian menjadi santri perdana dengan jumlah 20 santri. Pesantren ini diberi nama “Al-Barokah“ oleh KH. Drs. Rosyidin Ali Said dengan harapan do’a, semoga pesantren ini selalu diliputi keberkahan dan kesejahteraan lahir dan batin bagi penghuninya dan masyarakat sekitar. Pondok Modern Al-Barokah Nganjuk ini diresmikan penggunaannya pada tahun 1995 oleh Bapak Mentri Agama H. Dr. Tarmidzi Taher dan Menteri Penerangan H. Harmoko dengan dihadiri oleh para pejabat dari pusat maupun daerah beserta tokoh-tokoh masyarakat.